金苹果群岛的宝箱分布主要集中在小岛后方、左侧大海螺处、海面丘丘人营地及山顶区域。初始小岛后方嘟嘟可画像处可挖掘一个宝箱，左侧大海螺附近同样隐藏着挖掘宝箱。海面上散布着多个丘丘人营地宝箱，需击败守卫开启，例如小岛前方、右侧及沙滩旁的营地。部分宝箱需要完成限时挑战，如小岛后方和右侧海面上的战斗挑战。
群岛的沙滩和山顶区域也分布着重要宝箱。沙滩旁丘丘人营地宝箱通常被木箱或障碍物遮挡，需破坏周围物体才能获取。小岛顶端露天宝箱较为显眼，但部分需攀爬或滑翔抵达。侧面蓬蓬果宝箱需触发蓬蓬果机关，顶部后方指引宝箱则需跟随任务提示解密。深渊法师营地宝箱需击败元素法师，难度较高但奖励丰厚。
危危岛需激活水元素方碑触发倒影解密，布丁岛需调整盆景山石形态解锁隐藏宝箱。双双岛的音符传递解密和蓬蓬果射击挑战也关联宝箱获取。星光凝核收集可开启华丽宝箱，需在星象机关处按特定顺序摆放。挖掘宝箱需留意地面闪光点，如双双岛假山后和破破岛碎石堆下方。
海域中的宝箱需借助浪船或冰元素角色探索。海上丘丘人营地宝箱分布在布丁岛、危危岛之间的航线，部分被漩涡或水泡机关隐藏。限时挑战宝箱要求引爆炸药桶或收集微粒，完成后直接生成奖励。浪船锚点附近的小岛常隐藏挖掘宝箱，如装置岛和营地岛的木箱破坏点。
