忍者碎片是培养与扩充忍者阵容的基石，其获取途径多样且分散于游戏的各个系统中。最基础也最稳定的方式莫过于挑战精英副本，每日系统会提供有限的挑战次数，通关对应关卡后便能固定产出指定忍者的碎片，之后即可通过扫荡功能高效积累，这是许多玩家定向收集心仪忍者的起点。完成每日任务、参与修行之路等常规玩法也能累积活跃度并解锁关卡奖励，其中往往就包含了忍者碎片，这些构成了玩家日常资源积累的重要组成部分。
除了依赖体力与时间的玩法，游戏内的各类商店是兑换忍者碎片的集中地。加入一个活跃的组织后，通过参与组织活动贡献可以获得功勋，用以在组织商店中兑换碎片。类似地，通过参与武斗祭等竞技玩法获得的积分，也能在相应的积分商店中换取目标碎片。修行之路产出的战斗点数、旅行商店中使用的铜币或元宝，都为此提供了多样化的货币兑换渠道。这些商店通常需要玩家投入特定的游戏行为来赚取货币，从而实现碎片的有计划收集。
游戏中的招募系统则是获取碎片，尤其是高品质碎片的核心方式之一。普通招募消耗羁绊之卷，主要产出B级及以下忍者碎片；高级招募消耗金币，遵循着招募次数保底规则，是获取A级和S级忍者的主要期待所在；而限定招募则往往与特定活动或VIP等级挂钩，投放更为稀有的忍者碎片。这是一种更侧重于资源投入与概率回报的获取途径，需要玩家合理规划手中的招募卷轴与金币资源。
积极参与游戏不定期推出的各类限时活动，是免费获取乃至加速获取忍者碎片的关键。无论是简单的累计签到，还是周年庆、节日庆典等大型活动，官方经常会赠送包含忍者碎片或自选碎片礼包的丰厚奖励。关注游戏内公告，确保不错过这些活动节点，能在不消耗常规资源的前提下，显著推进特定忍者的收集进度，有时甚至能直接获得完整的忍者。
对于愿意进行付费的玩家，游戏也提供了更为直接的碎片获取通道。达到VIP10等级可以解锁特权商店，其中可直接购买特定忍者的碎片。一些充值活动在达到指定档位后，也会直接赠送如我爱罗等专属忍者。游戏中还存在碎片捐赠系统，组织成员之间可以将自己多余的碎片赠予他人，这为集齐最后关键碎片提供了一条社交途径，但该系统对捐赠者所持碎片数量有最低要求。
